MiLaboratories 10 میلیون دلار برای یک بازی پلتفرم برای تسریع تحقیقات ژنومی دریافت می کند

پیشرفت‌ها در توالی‌یابی DNA و حجم عظیمی از داده‌های ژنومی که توسط فناوری توالی‌یابی نسل بعدی (NGS) تولید می‌شود، فرصتی برای ایجاد نرم‌افزار برای زیست‌شناسان ایجاد کرده است تا بتوانند راحت‌تر این داده‌های بزرگ را تجزیه و تحلیل کنند و جهش بعدی را انجام دهند. وقتی نوبت به ساخت واکسن‌های جدید، درمان‌های سرطان و غیره می‌رسد، می‌تواند کمک کند.

در چهار سال گذشته، MiLaboratoriesیک استارت آپ مستقر در سانفرانسیسکو با یک مرکز تحقیق و توسعه در بیلبائو، اسپانیا، در حال ساخت یک پلت فرم زیست شناسی محاسباتی است تا پردازش، تجزیه و تحلیل و تجمیع داده های خود را برای زیست شناسان آسان تر کند. دارای ویژگی هایی مانند تجسم داده ها و هوش مصنوعی مولد برای افزایش قابلیت استفاده است.

پلتفرم آن همچنین به گونه‌ای طراحی شده است که بازاری برای دانشمندان دیگر باشد تا بتوانند ابزارهای محاسباتی تخصصی‌تری را در قالب برنامه‌ها توزیع کنند تا به گسترش ابزار برای جامعه تحقیقاتی ژنومیک ادامه دهند. MiLaboratories دانشمندانی را هدف قرار می‌دهد که مجموعه مهارت‌هایشان شامل زیست‌شناسی، علوم کامپیوتر و ریاضیات می‌شود – به اصطلاح بیوانفورماتیکان.

این یک رویکرد سبک “بدون کد” برای زیست شناسان است و ما همچنین یک را آزاد می کنیم [open source] SDK – کیت توسعه نرم‌افزار – به بیوانفورماتیکان اجازه می‌دهد تا برنامه‌های کاربردی واقعی بسازند.

او توضیح می‌دهد: «در طول فعالیت علمی من و بنیان‌گذارانمان، ما شاهد ناکارآمدی بزرگی بودیم … در نحوه توسعه درمان‌های مدرن، داروهای مدرن. “به دلیل این اصطکاک بین داده ها – داده های بزرگ تولید شده توسط زیست شناسان، داده های توالی یابی – و تجزیه و تحلیل داده هایی که برای آنها در دسترس نیست.”

در حالی که «هزاران» نرم‌افزار و ابزار وجود دارد که می‌توانند داده‌های NGS را تجزیه و تحلیل کنند، او می‌گوید که بیشتر آن‌ها در دانشگاه توسعه یافته‌اند، جایی که تمرکز بیشتر روی ابزارها است تا قابلیت استفاده.

او می‌گوید همچنین نیاز به زیست‌شناسان برای جمع‌آوری و ادغام نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل‌های متعدد وجود دارد. “در یک تصویر یکپارچه، به شما امکان می دهد بفهمید چه اتفاقی در حال رخ دادن است. و این جایی است که پلتفرم ما به طور چشمگیری کمک می کند.» او پیشنهاد می کند.

این استارت‌آپ امیدوار است پلتفرم آن بیوانفورماتیکان را از فراخوانی برای مقابله با کار غرغر پردازش داده‌های ژنومی رها کند تا این دانشمندان چند رشته‌ای بتوانند مجموعه مهارت‌های خود را در وظایف پیچیده‌تر ساخت الگوریتم‌هایی که ممکن است به پیشرفت علم پیشرفته کمک کند، به کار گیرند.

پوسلاوسکی می‌گوید: «بیوانفورماتیک‌ها در واقع زمان زیادی را صرف اجرای یک نرم‌افزار برای زیست‌شناسان می‌کنند. برای پردازش این داده‌ها، باید ماشین‌های لینوکس داشته باشید، SSH را مرور کنید، ابزارهای نرم‌افزاری پیچیده‌ای را اجرا کنید تا تجزیه و تحلیل را انجام دهید و بینش را از داده‌ها دریافت کنید.»

“[A doctor] هیچ مهارتی برای انجام این کار در لینوکس، در HPC ندارد [high performance computing] خوشه، زیرا کارهای دیگری برای انجام دادن دارد. و این همان کاری است که اکثر بیوانفورماتیکان در شرکت ها و دانشگاه ها انجام می دهند، در واقع، فقط همین کار ماهانه اجرای ابزارها را انجام می دهند.

در روز پنجشنبه، MiLaboratories رسماً SDK خود را منتشر کرد. Platforma.bio، که به توسعه دهندگان شخص ثالث امکان می دهد برنامه ها را مشارکت دهند – اگرچه چندین سال است که در آزمایش آلفا و بتا قرار دارد. (پوسلاوسکی می گوید “حدود 300 آزمایشگاه” از نسخه بتا استفاده کرده اند و “حدود 20” برنامه تاکنون از طریق این پلتفرم در دسترس قرار گرفته است.)

اولین برنامه‌های کاربردی موجود در این پلتفرم حول برنامه‌های بیولوژیکی و بیوانفورماتیک ما ساخته شده‌اند که بسیار محبوب هستند… [with] شرکت ها و افراد درگیر در پیشرفت های ایمنی درمانی. اما ما در حال حاضر … مجموعه خوبی از همکاری ها و افرادی که مایل به ارائه برنامه های کاربردی خود در پلتفرم هستند، هم از دانشگاه و هم از صنعت، داریم.”

استارت آپی که در سال 2021 تأسیس شد، همچنین یک دور سرمایه گذاری 10 میلیون دلاری سری A را برای ادامه توسعه، با تمرکز بر سرمایه گذاری در ایجاد جامعه، اعلام کرده است.

دلیل اصلی جمع آوری پول این است که دست های بیشتری را به توسعه پلتفرم خود متصل کنیم. ما مهندسان بیشتری را استخدام می کنیم. ما در حال استخدام کسانی هستیم که به آن حامیان توسعه‌دهنده می‌گویند، که فناوری را در اطراف – در درجه اول – جامعه دانشگاهی تبلیغ می‌کنند، زیرا اکثر نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک در دانشگاه‌ها توسعه می‌یابند.

“برای سال آینده [we will] او اضافه می‌کند که روی انتشار فناوری در سراسر جامعه تمرکز کنید و جامعه را درگیر ساختن برنامه‌های خود، بسته‌بندی نرم‌افزارهای موجود خود و ارائه آنها از طریق پلتفرم کنید.

سری A MiLaboratories توسط Kfund مستقر در مادرید با مشارکت Acrobator Ventures، EGB Capital، Courtyard Ventures، Somersault Ventures، Speedinvest و Ten13 هدایت می شود.

میگل آریاس، شریک عمومی Kfund در بیانیه‌ای اظهار داشت: «سرمایه‌گذاری در پلتفرم‌هایی که شکاف بین توسعه‌دهندگان (در این مورد بیوانفورماتیکان) و کاربران تجاری (در این مورد زیست‌شناسان) را پر می‌کند، هسته اصلی کاری است که ما می‌خواهیم انجام دهیم. در صندوق ما پتانسیل فوق‌العاده‌ای در دموکراتیک کردن دسترسی به داده‌های پیچیده وجود دارد که امکان ارائه بینش‌های ایمنی‌شناختی را فراهم می‌کند.»

MiLaboratories نرم افزار خود را به صورت رایگان به دانشگاهیان ارائه می دهد، اما از طریق یک مدل پولی برای کاربران تجاری نیز درآمد کسب می کند. به گفته پوسلاوسکی، این استارتاپ در این مرحله به 100 مشتری پولی نزدیک می شود.

او خاطرنشان می‌کند: «بسیاری از شرکت‌های بزرگ داروسازی – مانند Moderna، Bristol Myers Squibb – مشتریان ما هستند.»

در آغاز سال 2022، این استارت آپ یک دور اولیه 2.5 میلیون دلاری را جمع آوری کرد. همچنین قبلاً یک پیش دانه کوچک از چند فرشته گرفته بود.

پوسلوسکی در بحث چالش‌های توسعه پلتفرم زیست‌شناسی محاسباتی، می‌گوید که حجم حیرت‌انگیز داده‌ای که توسط NGS تولید می‌شود به این معنی است که استارت‌آپ‌ها باید توجه بسیار دقیقی به تضمین کارایی پردازش برای جلوگیری از ایجاد «هزینه‌های دیوانه‌کننده» داشته باشند.

او تاکید می‌کند: «میزان داده‌های تولید شده در فضا واقعاً دیوانه‌کننده است». شرکت‌های بزرگ داروسازی، مشتریان ما… آنها پتابایت‌های داده‌های ژنتیکی دارند که تاکنون تولید شده‌اند. بنابراین این مقیاس بزرگ است.»

MiLaboratories چیزی را توسعه داده است که پوسلاوسکی به عنوان یک فناوری “بسیار پیچیده” و “از لحاظ ریاضی اثبات شده” است که امکان انجام بسیاری از محاسبات را به “روشی بسیار بهینه” فراهم می کند. او پیشنهاد می‌کند که این فناوری – که آن را ثبت اختراع کرده است – پلتفرم را قادر می‌سازد تا بازدهی 10 برابری را در مقایسه با سایر انواع گردش کار محاسباتی به دست آورد.

“این یک چیز بسیار مهم است. این از چشم زیست شناس پنهان است – زیرا پیشنهاد ارزشمند برای زیست شناس این است که “من می خواهم روی دکمه ها کلیک کنم و بینش پیدا کنم” – اما برای صاحبان مشاغل بسیار مهم است.

از نظر رقابت، نام های پوسلوسکی سقارا (و نرم افزار Nextflow آن) به عنوان نزدیک ترین رقیب – از نظر محبوبیت و ارزش پیشنهادی. همچنین ابزارهای منبع باز برای پردازش NGS وجود دارد، مانند کهکشاناما MiLaboratories بر این باور است که پلتفرم آن به محققان مسیر قابل دسترس تری را برای بینش داده ها ارائه می دهد.