LatchBio دانشمندان را با یک پلت فرم بدون کد برای مدیریت داده های بزرگ بیوتکنولوژی قدرتمند می کند – TechCrunch

زیست شناسان و دانشمندان دیگر این روزها با دریای عمیقی از داده ها و مجموعه گیج کننده ای از ابزارها برای به کارگیری در آن روبرو هستند – که بسیاری از آنها برای عمل به متخصص نیاز دارند. استخدام یک چالش است و انجام کار ممکن است ماه ها طول بکشد … اما LatchBio گزینه ای را ارائه می دهد که می تواند داده های خود را از طریق AlphaFold و سایر ابزارهای سطح بالا در چند ثانیه اجرا کند. این شرکت به تازگی 28 میلیون دلار برای ساخت پلتفرم مرتبط خود جمع آوری کرده است.

اساساً، مسئله فقط این است که دانشمندان همه دانشمند داده نیستند.

آلفردو آندره، یکی از بنیانگذاران و مدیر عامل LatchBio، می گوید: «زیست شناسان، همانقدر که در زیست شناسی، پیپت کردن و چیزهای آزمایشگاهی شگفت انگیز هستند… آنها برنامه نویسی را هم دوست دارند. اما انقلاب در بیوتکنولوژی با افزایش عظیم داده‌های حاصل از هر آزمایش صورت می‌گیرد.

شاید چند سال پیش امکان پردازش آن با ابزارهای اساسی وجود داشته باشد، اما حجم آن هزاران برابر و بیشتر شده است، و هر کشف جدید (مانند توالی‌یابی ژنوم ارزان‌تر یا روش‌های جدید به کارگیری آن داده‌ها) آن را بیشتر می‌کند.

«اگر آزمایش CRISPR را انجام دهید، پس از انجام ویرایش در آزمایشگاه مرطوب، آن را در دستگاه Illumina ترتیب می دهید. آندره ادامه داد: این یک فایل با رشته RNA و ویرایش‌هایی که انجام داده‌اید به شما برمی‌گرداند – اما این یکی از آنها نیست، بلکه 10000 مورد است. “اگر شما فقط یک زیست شناس هستید، باید یاد بگیرید که از CRISPResso استفاده کنید، از خط فرمان استفاده کنید، وابستگی ها را نصب کنید، داده های مناسب را به آن بدهید…”

تنها راه واقع بینانه برای رسیدگی به این حجم از داده های خام در حال حاضر این است که آن را به یک زیست شناس محاسباتی بسپارید – یک نژاد نادر و به ندرت در کوتاه مدت در دسترس است.

مشکلی که ما بارها و بارها دیدیم این است که یافتن این افراد واقعاً سخت است – مانند 20 زیست شناس در مقابل یک زیست شناس محاسباتی. بنابراین آنها داده های خود را ارسال می کنند و گاهی ماه ها منتظر می مانند.

آندره و هم بنیانگذارانش، CTO Kenny Workman و COO Kyle Griffin، از یک پیشینه فناوری بزرگ بودند اما از صنعتی که در آن کار می کردند سرخورده شدند.

«در Google، ما این خطوط لوله داده شگفت انگیز را داشتیم، اما آنها برای ارائه تبلیغات بودند. سپس دیدیم که این شرکت‌های بیوتکنولوژی در حال درمان بیماری بودند، اما آنها بدترین خطوط انتقال داده را در جهان داشتند.» پس چرا از همان قدرت و سهولت استفاده موجود در ابزار سطح Google استفاده نکنید، اما برای استفاده توسط دانشمندانی طراحی شده است که قادر به نوشتن یک خط کد نیستند؟ این هدف پلتفرم Latch این شرکت است که بیش از هر چیز بر سهولت استفاده و انعطاف پذیری تمرکز دارد.

آندر گفت: “شما باید واقعاً کار را برای زیست شناسان آسان کنید: به ابزاری نیاز دارید که به آنها امکان آپلود را بدهد، سپس مانند سه پارامتر را پر کنید و روی run کلیک کنید.” مانند AlphaFold – این یک مدل بسیار سنگین است. ما این را در برکلی دیدیم. آنها به معنای واقعی کلمه هفته ها تلاش کردند تا آن را روی یک کلاستر GPU نصب کنند، و نتوانستند. خیلی پیچیده است ما پلتفرم خود را به آنها دادیم، شما یک توالی اسید آمینه را در آن قرار می دهید و آن را اجرا می کنید. داشتیم [genetic sequencing pioneer] خود جورج چرچ در آن روز – به معنای واقعی کلمه در 30 ثانیه او را مجبور کردیم که AlphaFold را روی سکو اجرا کند.

اگر به نظر می رسد همه اینها کمی دانشمندان را شیرخوار می کند، از یکی بپرسید. احتمالاً زیست شناسان اولین کسانی هستند که می گویند نمی خواهند با کد سروکار داشته باشند. دانشمندان خوب، افراد باهوشی هستند، اما عموماً می‌خواهند روی آنچه بهتر انجام می‌دهند تمرکز کنند، نه اینکه یک رشته جدید را فقط برای درک بهمن داده‌ها بیاموزند. دانشمندان دیگری هم هستند که کار درستشان همین است!

مشکل زمانی ظاهر می شود که به تنوع رشته های زیست شناسی و بیوتکنولوژی توجه کنید. هر دامنه، مانند پروتئومیکس، اپی ژنتیک و ده ها زیر دامنه زیر هر یک، دارای تعداد زیادی ابزار و فرآیندهای نرم افزاری منحصر به فرد است. در حالی که برخی از پلتفرم‌ها و روش‌ها، مانند نوت‌بوک‌های Jupyter و موارد مشابه، به‌عنوان استانداردهای واقعی در بسیاری از زمینه‌ها پدیدار شده‌اند، آنها برای افراد بیوانفورماتیک طراحی شده‌اند، نه کسانی که از عینک در آزمایشگاه‌های مرطوب استفاده می‌کنند.

اندر گفت: “زیست شناسی آنقدر پیچیده است که نمی توانید ابزارهای تعمیم پذیری را که ما برای مهندسی نرم افزار ساخته ایم داشته باشید.” بنابراین شما یک وضعیت مرغ و تخم مرغ دارید: اگر گردش کار وجود نداشته باشد، زیست شناسان از آن استفاده نمی کنند، و اگر مردم از آن استفاده نمی کنند، هیچ جریان کاری وجود ندارد.

آنها با خریدن مرغ به قول خودش از این وضعیت خارج شدند. آن‌ها خودشان جریان‌های کاری محبوبی ایجاد کردند و آن‌ها را به زیست‌شناسان دادند، سپس از آن بازخورد برای بهبود SDK خود استفاده کردند تا بتوانند به سراغ انواع محاسباتی با چیزی آسان برای استفاده بروند.

آندر خاطرنشان کرد که جایگزین آن اغلب چیزی شبیه شبیه سازی مخازن GitHub و سایر نوت بوک ها یا ذخیره کد از مقالات و سایت های شخصی است. زیست شناسان محاسباتی بیش از پسرعموهای پیپت دار خود برای تنبیه پرخور نیستند، بنابراین هر چیزی که کار را برای آنها آسان تر کند خوش آمدید. افزودن فرآیند خود به Latch با استفاده از SDK به این معنی است که دانشمندان با پر کردن صندوق ورودی خود می‌توانند این کار را خودشان انجام دهند.

امید و یکی از اهداف اصلی این جمع‌آوری کمک مالی این است که جامعه comp bio به تعامل با پلتفرم LatchBio ادامه دهد و به شرکت اجازه دهد از جریان‌های کاری محبوب‌تر به سمت بالادستی به زیرساخت‌های بیوتکنولوژی موجود در دسترس‌تر حرکت کند. بسیاری از شرکت‌ها ابزارها و پشته‌های مخصوص به خود را دارند، اما مانند بقیه اغلب فقط توسط متخصصان قابل اجرا هستند. اگر این تغییر کند، متخصصان داده‌های ارزشمند را آزاد می‌کند تا به جای اجرای ساده، بسازند.

یک شرکت 50000 نفری در حال حاضر مشتری نیست زیرا آنها صد یا 200 کارمند زیست شناسی محاسباتی دارند. اما اگر فقط آن شرکت ها بتوانند آن را بسازند، و شرکت های کوچکتر نتوانند، این فرصت است. ما شرکت‌های سری A و B را دریافت می‌کنیم که خودشان نمی‌توانند این کار را انجام دهند، و ما از نزدیک با آنها کار می‌کنیم. ما به سرعت در حال رشد هستیم و به زودی شرکت سری D که شروع به ساخت سری D خود می کند، اینگونه خواهد بود که “چرا وقتی LatchBio کار می کند این کار را انجام دهیم؟” شرکت‌ها برای اینکه مجبور نباشند این را در داخل بسازند، هزینه زیادی می‌پردازند.»

بنیانگذاران LatchBio در آزمایشگاه. اعتبار تصویر: LatchBio

این شرکت تا پایان سال 1 میلیون دلار ARR پیش بینی می کند و قراردادها در حال جمع شدن هستند. اما آندره تاکید کرد که این پلتفرم همیشه برای دانشگاهیان رایگان خواهد بود (حتی اگر وضعیت مجوز آنها می تواند دردسرساز باشد)، که به طور معمول ترجیح می دهند یک ماه منتظر بمانند تا اینکه پنج رقم هزینه کنند.

دور 28 میلیون دلاری توسط Coatue و Lux Capital با شرکت Hummingbird Ventures، Caffeinated Capital، Haystack و Fifty Years برگزار شد.

اندر گفت که آنها امیدوارند نه تنها محصول را بسازند بلکه بهترین تیم مهندسی نرم افزار در بیوتکنولوژی را استخدام کنند. او در پایان گفت: «من فکر می‌کنم جوانان از کار کردن در شرکت‌های بهینه‌سازی و کمی خسته شده‌اند – هیچ شرکتی در بیوتکنولوژی وجود ندارد که در بین بهترین مهندسان نرم‌افزار در جهان باشد و در عین حال روی مشکلات تغییر جهان کار کند. به طور طبیعی هدف LatchBio این است.